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En neurofisiología clínica, la EMT puede ser extremadamente útil en la exploración de vías motoras centrales (tanto en distintas patología como en el proceso de crecimiento y desarrollo). La técnica de pulsos apareados permite explorar la excitabilidad intra y corticocortical en salud y enfermedad, así como la integridad de la interacción interhemisférica y el tiempo de conducción transcalloso. Estudios de mapeo cortical no invasivo pueden ser útiles al planear intervenciones neuroquirúrgicas sin el riesgo de morbilidad asociado con estudios invasivos y estimulación cortical directa. Estudios del período de silencio cortical, así como de curvas de reclutamiento, permiten caracterizar alteraciones patológicas de la excitabilidad cortical en varias patologías y estudiar la respuesta cortical a distintas intervenciones neurofarmacológicas.

Este tipo de abordaje promete ofrecer una estrategia controlada y objetivable para la elección del fármaco más indicado para cada enfermo con epilepsia, depresión, u otras enfermedades neuropsiquiátricas. Por otro lado, en el ámbito terapéutico, la EMTr promete ofrecer alternativas seguras y eficaces para el tratamiento de un gran número de patologías, incluyendo, entre otras epilepsia, dolor crónico (por ejemplo, migrañas, dolor neuropático o dolor visceral), enfermedad de Parkinson, temblor, espasticidad, depresión, esquizofrenia, autismo, trastornos de la atención, trastornos obsesivocompulsivos, alucinaciones o la rehabilitación de las secuelas motoras, cognitivas y lingüísticas de un infarto cerebral o una lesión traumática (Tabla). En el presente artículo no pretendemos resumir la experiencia en estos ámbitos, ya que varias excelentes revisiones recientes has discutido las aplicaciones clínicas y terapéuticas de la EMT y la EMTr. Nuestra intención es ofrecer una breve introducción y discusión de los principios básicos y los fundamentos neurofisiológicos de la EMT, y presentar la noción de que la EMTr es una herramienta única para la neuromodulación de redes neurales específicas con fines diagnósticos y terapéuticos, tanto en niños como en adulto y ancianos.